共有6个配置步骤：用水、称重复水、灭菌pH测定和准备培养基储存
首先，应使用不小于300000Ωcm的蒸馏水电阻率或同等质量的水，用水培养基制备备用水，且不得使用离子交换器生产的去离子水。
第二，称重时应使用专用角勺，避免交叉污染，影响检验结果；干粉培养基易于吸收水分。如果可能，尝试在湿度较低培养基的房间中称重。第三，复水复水不要使用铜或铁罐来防止离子混入培养基并影响微生物的生长；容器的尺寸应大于复水之后培养基总体积的两倍，以避免培养基在加热和溶解过程中溢出；含有琼脂粉的培养基可在加热和溶解前浸泡几分钟；加热培养基时一定要搅拌，尤其是琼脂培养基。为了避免烧焦和沸腾溢出，最好用沸水浴加热少量培养基。燃烧培养基的营养物质被破坏，并可能产生有毒物质。如果在培养基未均匀溶解之前发现结焦或溢出，则不能使用培养基，应重新制备。琼脂培养基重熔时，应使用沸水浴或流动蒸汽加热，最多只能加热两次。第二次重熔后未用完的培养基应丢弃。
第四，一般培养基采用湿热灭菌，即高压蒸汽灭菌，通常为121℃15min，含糖或特殊培养基，并按照国家标准或制造商提供的说明进行灭菌。制备的培养基必须立即灭菌，以避免因微生物生长和繁殖而消耗营养，并改变培养基的pH值。高温会破坏培养基的营养成分，降低琼脂的凝胶强度。因此，必须严格控制灭菌温度和时间，不得重复灭菌。高压蒸汽灭菌定期校验锅的压力表，定期用生物指示剂法或化学变色纸校验灭菌效果。第五，pH被测微生物必须在适当的pH范围内，以便正常生长和繁殖或反映其生物学特性。培养基配方要求的pH在灭菌或消毒后为pH值，即使用前为培养基pH，在25℃下用精密酸度计测量，固体琼脂培养基用专用胶体表面测量电极测量。在使用过程中，如果培养基中的pH需要调整，则使用1mol/L na0h或lmol/lhcl进行调整。注意，pH不能重复调节，否则会影响培养基的渗透压。
第六，制备的培养基杀菌后培养基迅速冷却到必要的温度，长期不保存在灭菌锅中，引起过度的灭菌，影响培养基的营养成分和选择效果。配合的量培养基应该在最长保存期间刚好用完了。含有染料培养基熄灭光保存。倒下的寒天板如果调配当天不能使用完，请冷藏保存。如果保存时间超过两天，请放入密封的塑料袋中保存。分发的肉汁类培养基在保存时间超过2周后，放入带螺旋盖的试管或其他密闭的试管或容器中防止蒸发。
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